Software-Projekte die unter einer Open-Source-Lizenz veröffentlicht werden erlauben es, den Quellcode und damit das Programm selbst zu verändern. Dadurch ist es möglich, dass viele wichtige Projekte wie OpenOffice, oder der Mozilla Firefox, weiter entwickelt werden können. Allerdings können aus diesem Grund, auch viele Probleme entstehen. Denn aufgrund der hohen Verbreitung von Open Soure Software, können auch Schädlinge direkt in den Quellcode geschrieben werden. Dadurch erhöht sich die Gefahr, dass der Anwender-PC gekapert werden kann und als Werkzeug für Straftaten missbraucht wird.

So ist es unter anderem möglich, dass der PC als Teil eines Botnets missbraucht werden könnte. Solche Netzwerke aus fremdgesteuerten Computern werden dazu genutzt, fremde Server und PCs, durch DDoS-Attacken lahm zu legen. Ein anderes Problem durch Schadcode im Quelltext ist, dass der Computer unbemerkt ausspioniert werden kann. Denn durch die Signierung des original Programms und der oft unbekannten Routine des Schadcodes, können diese nur selten von einem Virenscanner erfasst werden.

Neben der Gefahr, dass in einer Open Source Software Schadcode enthalten sein kann, gibt es noch die Möglichkeit, dass durch unprofessioneller Bearbeitung, der Anwender-PC Schaden nehmen kann. Wenn die eigentliche Routine des Programmes modifiziert wird, kann es zu einer ungewöhnlich hohen Systemauslastung kommen. Eine weitere Gefahr, kann in der Installationsroutine liegen, genauer gesagt, in der Bearbeitung der Registrierungsdatenbank. Sollte dort ein Fehler entstehen, so kann das gesamte System instabil werden.

Abgesehen von Problemen und Gefahren für den Anwender-PC, kann es Probleme mit dem Support geben. Dieser kann nicht immer gewährleistet werden, da viele Open Source Projekte, ehrenamtliche Arbeiten sind.